Năm 1540, Henry cho phá hủy những điện thờ các thánh. Cùng lúc, nhà vua muốn tái hôn để đảm bảo chắc chắn sự nối ngôi. Thomas Cromwell, đã được phong tước Bá, đề cử Anne, em gái Công tước xứ Cleves (Cleves hoặc Jülich-Cleves-Berge là lãnh thổ phần lớn thuộc nước Đức, phần còn lại thuộc Hà Lan ngày nay). Công tước Cleves là tín hữu Kháng Cách, người được xem sẽ là một đồng minh quan trọng trong trường hợp Công giáo Rô-ma tấn công nước Anh. Hans Holbein được sai đến gặp Cleves để vẽ chân dung Anne về trình nhà vua. Henry đồng ý kết hôn, nhưng sau khi gặp Anne, nhà vua tỏ ra thất vọng về nhan sắc của cô dâu.[55]

Henry muốn hủy hôn; trong khi đó, Công tước Cleves đang tranh chấp với Hoàng đế La Mã thánh, người Henry không muốn đối đầu. Vương hậu Anne đủ khôn ngoan để không làm trái ý nhà vua, bà làm chứng rằng cuộc nhân của họ là không hoàn chỉnh. Henry được thuật lại rằng mỗi đêm đến phòng cô dâu chỉ để hôn lên trán cô trước khi về phòng mình. Cuộc hôn nhân bị hủy bỏ, Anne nhận tước vị "Em gái nhà vua", và được ban tặng Lâu đài Hever, trước đó là nơi ở của gia đình Boleyn. Bởi vì đã tích cực sắp xếp cuộc hôn nhân này mà Cromwell bị thất sủng, cuối cùng bị xử chém. Ngày Cromwell bị hành hình (ngày 28 tháng 7 năm 1540) cũng là ngày Henry cưới Catherine Howard, em họ của Anne Boleyn, trước đây thuộc đoàn tùy tùng của Anne.[56] Nhà vua rất thích cô vợ mới. Tuy nhiên, không lâu sau khi kết hôn, Vương hậu Catherine có quan hệ tình cảm với Thomas Culpeper. Bà cũng chọn Francis Dereham, người yêu cũ và là hôn phu của bà trước khi trở thành Vương hậu, làm thư ký riêng cho bà.

Thomas Cranmer, Tổng giám mục Canterbury, đối nghịch với gia đình Howard theo Công giáo, đã trình nhà vua các chứng cứ về những hành vi của Vương hậu. Dù không chịu tin lời cáo buộc, nhà vua cho phép Cranmer mở cuộc điều tra. Khi bị tra hỏi, Vương hậu thú nhận từng có hôn ước với Dereham, có nghĩa hôn nhân của bà với Henry là bất hợp lệ, mặt khác bà nói Dereham đã ép buộc bà ngoại tình. Cùng lúc, Dereham tố giác Vương hậu có quan hệ với Thomas Culpeper. Catherine bị xử tử ngày 13 tháng 2, 1542. Trong năm ấy, những tu viện còn lại đều bị giải thể, tài sản tu viện được chuyển về ngân khố nhà vua. Các tu viện trưởng mất ghế trong Viện Quý tộc.

Năm 1543, Henry kết hôn lần cuối, lần này với Catherine Parr, một góa phụ giàu có. Bà thường xuyên tranh luận với Henry về tôn giáo và ủng hộ cải cách, còn nhà vua muốn duy trì truyền thống cũ. Quan điểm tôn giáo của Vương hậu làm những người Công giáo có nhiều ảnh hưởng như Stephen Gardiner, Giám mục Winchester, và Tể tướng Lord Wriothesley nghi ngại. Năm 1546, họ thuyết phục nhà vua chống lại bà. Một lệnh bắt giữ đã được soạn sẵn trong khi những tin đồn loan truyền khắp châu Âu rằng nhà vua bắt đầu quan tâm đến một phụ nữ khác, Bà Công tước Suffolk.[57] Song, sau khi đọc lệnh bắt giữ, Catherine tìm cách giải hòa với nhà vua, thề hứa rằng những cuộc thảo luận về tôn giáo chỉ nhằm mục đích giúp nhà vua quên những cơn đau do bệnh tật.[58]

Catherine Parr cũng giúp Henry hòa giải với các con gái của ông, Lady Mary và Lady Elizabeth. Năm 1544, một đạo luật được thông qua phục hồi quyền kế vị cho họ, kế tiếp Edward, Thân vương xứ Wales, mặc dù họ vẫn bị xem là con ngoại hôn. Cuối đời, Henry VIII phát phì, vòng bụng ông lên đến 54 inches /137 cm và cần có thiết bị hỗ trợ mới có thể di chuyển. Nhà vua chịu nhiều đau đớn thể xác, thân thể bị nhiều ung nhọt, và có lẽ mắc bệnh thống phong. Sự béo phì và các vấn đề sức khỏe khác của Henry có lẽ phát sinh từ tai nạn năm 1536 khi nhà vua bị chấn thương trong một trận cưỡi ngựa đấu thương (tai nạn này cũng là nguyên nhân khiến Anne Boleyin bị sẩy thai), làm tái phát, lần này trầm trọng hơn, vết thương cũ ở chân của nhà vua. Vết thương bị lở loét và trở thành ung nhọt suốt phần đời còn lại của Henry, và làm suy yếu sức khỏe của ông. Người ta tin rằng bệnh tật đã khiến tính cách của Henry trở nên thất thường.[59]

Henry từ trần ngày 28 tháng 1 năm 1547 tại Lâu đài Whitehall ở tuổi 55. Nhà vua được an táng tại Nguyện đường St George trong Lâu đài Windsor, bên cạnh Vương hậu Jane Seymour.[60]

Edward, con trai chính thức duy nhất của Henry, lên ngôi lấy hiệu Edward VI. Theo di chúc của Henry, một hội đồng gồm 16 nhiếp chính được thành lập để điều hành quốc gia cho đến khi Edward đủ 18 tuổi. Các nhiếp chính chọn Edward Seymour Bá tước Hertford, anh trai Jane Seymour, vào chức vụ Lord Protector.